豐富的生物多樣性與高比例的特有種與亞種，是台灣的生物資源特色。在野生植物資源方面，維管束植物有4,000多種，其中約四分之一為台灣所特有，苔蘚植物約1,500種，真菌類有5,000種；動物資源概估有15萬種，已發現哺乳動物約70餘種、鳥類約500種、爬蟲類近100種、兩棲類34種、魚類約2,500種、已命名昆蟲有18,000種。生物物種隨著調查研究的進行尚陸續增加中，如最近新發現的哺乳動物有臺灣長耳蝠、黃頸蝠、高山小黃鼠狼等。
因為複雜的地理、氣候等自然因素影響下，造就了台灣多樣性的生態環境，舉凡海洋、島嶼、河口、沼澤、湖泊、溪流、森林及農田等不一而足。每一個生態系均孕育著豐富的物種與遺傳資源。就海洋而言，海岸線長達1,600公里，由於地理條件的不同，形成了珊瑚礁、岩岸、沙岸、泥岸及紅樹林等多樣性的海岸環境及生態系，亦孕育了豐富龐雜的野生動植物及微生物資源，更提供台灣做為海洋國家永續經濟活動的基礎。
台灣地區面積僅約36,000平方公里，卻孕育如此豐富的自然資源，值得國人好好的珍惜和保護，使青山常在、綠水長流，並透過自然資源能永續經營，留給後代子孫一片樂土。惟近年來經濟快速成長，人口增加，自然資源因過度開發利用，導致生態環境遭受嚴重破壞之威脅，不僅有水質、空氣、土壤、噪音及廢棄物等污染問題，海岸、河口、河川地以及山坡地亦因經濟發展而遭大量開闢使用，使水土流失、原生珍稀動植物瀕臨絕種及其棲地遭受破壞等問題日趨嚴重。為此，健全自然資源之保育與經營管理，維護生態系之穩定，以提升全體國民生活環境品質，實為我國謀求永續發展所不可忽視的重要課題。而保護自然生態的最佳途徑之一，就是劃設各類保護區並加強經營管理，使物種得在自然的狀況下生存、繁衍。
台灣地區以自然保育為目的所劃設之保護區，可區分為自然保留區、野生動物保護區及野生動物重要棲息環境、國家公園、自然保護區等四類型。自然保留區目前有20處，係農委會依文化資產保存法所劃定公告，總面積約64,559公頃，占台灣面積1.8％；野生動物保護區及野生動物重要棲息環境係依野生動物保育法由農委會或各縣市政府所劃定公告，目前野生動物保護區有17處、野生動物重要棲息環境有34處，總保護面積達324,668公頃，占台灣面積9.1％；國家公園目前有8處，係內政部依國家公園法所劃定公告，總面積約715,782公頃(含海域面積403,105公頃)，約占台灣面積8.6％；自然保護區目前有6處，係農委會林務局依森林法經營管理國有林之需要而劃設，總面積約21,172公頃。總計各類型保護區扣除範圍重複及海域部分後總面積約為685,821.45公頃，約占台灣陸域面積19.05％，分述如下：
一、自然保留區：
農委會於75年6月27日起，依文化資產保存法先後指定公告了淡水河紅樹林、關渡、坪林台灣油杉、哈盆、插天山、鴛鴦湖、南澳闊葉樹林、苗栗三義火炎山、澎湖玄武岩、阿里山台灣一葉蘭、出雲山、台東紅葉村台東蘇鐵、高雄烏山頂泥火山、大武山、大武事業區台灣穗花杉、挖子尾、烏石鼻海岸、墾丁高位珊瑚礁、九九峰、澎湖南海玄武岩等20處自然保留區，並指定管理機關管理，以維護及管理台灣具有代表性的生態體系、或具有獨特地形地質意義、或具有基因保存永久觀察、教育研究價值之區域。並逐年編列經費，分別與林務局、林試所、退輔會森林保育處、各主管縣市政府等管理機關及各學術研究機構合作，推動保留區管理維護、調查研究、及教育宣導等工作。依文化資產保存法第84條規定：「自然保留區禁止改變或破壞其原有自然狀態」，故自然保留區已受到政府單位最嚴格的保護，以保存其原有自然狀態，並提供學術研究及教育宣導方面的功能與價值。
二、野生動物保護區及野生動物重要棲息環境：
為保護野生動物及其棲息環境，我國自民國78年頒佈野生動物保育法後，即積極推動各項有關野生動物保育工作及野生動物保護區之設立，並自80年起，依野生動物保育法規定，由農委會核定、各縣市政府公告，先後公告劃設了澎湖縣貓嶼海鳥、高雄縣三民鄉楠梓仙溪魚類、宜蘭縣無尾港水鳥、台北市野雁、台南市四草、澎湖縣望安島綠蠵龜、大肚溪口、棉花嶼及花瓶嶼海鳥、宜蘭縣蘭陽溪口水鳥、武陵櫻花鉤吻鮭、台東縣海端鄉新武呂溪魚類、馬祖列島燕鷗、玉里、新竹市濱海、台南縣曾文溪口黑面琵鷺、宜蘭縣雙連埤、台中縣高美等17處野生動物保護區及棉花嶼、花瓶嶼、台中武陵櫻花鉤吻鮭、宜蘭縣蘭陽溪口、澎湖縣貓嶼、台北市中興橋永福橋、高雄縣三民鄉楠梓仙溪、大肚溪口、宜蘭縣無尾港、台東縣海端鄉新武呂溪魚類、馬祖八島、玉里、棲蘭、丹大、關山、觀音海岸、觀霧寬尾鳳蝶、雪山坑溪、瑞岩溪、鹿林山、浸水營、茶茶牙賴山、雙鬼湖、台東利嘉、海岸山脈、水璉、塔山、客雅溪口及香山溼地、台南縣曾文溪口北岸黑面琵鷺、宜蘭縣雙連埤、台中縣高美、臺南市四草、雲林湖本八色鳥、嘉義縣鰲鼓等34處野生動物重要棲息環境。由農委會、林務局及各主管縣市政府逐年編列經費，並與相關學術研究機構、地方保育團體合作推動保護區管理維護、調查研究、及教育宣導等工作。
三、國家公園：
自1872年美國設立世界上第一座國家公園－黃石國家公園迄今，世界上已有約一百個國家或地區設立了近千座國家公園。台灣地區自民國70年起開始推動國家公園與自然保育工作，迄今由內政部依據「國家公園法」之規定已相繼成立了墾丁、玉山、陽明山、太魯閣、雪霸、金門、東沙環礁、台江等8個國家公園。國家公園不同於都市公園、遊樂園，它的設立係保護國家特有之自然風景、野生動植物及人文史蹟，並提供國民育樂及研究，依國家公園法規定，國家公園得按區域內現有土地利用型態及資料特性，劃分為：一般管制區、遊憩區、史蹟保存區、特別景觀區、生態保護區。八座國家公園中，各具不同特色的自然景觀，嚴格限制開發行為。
四、自然保護區：
台灣地處亞熱帶，多雨潮濕，屬典型島嶼型氣候，極適宜林木生長。全島林地總面積約佔58％，農委會林務局為保護涵蓋國有森林內各種不同代表性生態體系及稀有動植物，乃依森林法經營管理國有林之需要，原共設立39個自然保護（留）區，後來逐步將各保護區經重新檢討定位後，其中大部分業由農委會依文化資產保存法及野生動物保育法先後指定公告為自然保留區、野生動物保護區或野生動物重要棲息環境，目前自然保護區尚有雪霸、甲仙四德化石、十八羅漢山、海岸山脈台東蘇鐵、關山台灣海棗、大武台灣油杉等6處，正逐一依據自然保護區設置管理辦法檢討公告。各自然保護區現仍持續野外之調查工作，除實施經常性的生態資源調查及巡邏保護工作外，並收集各項基本生態資料等，同時針對瀕臨絕種或珍貴稀有種或具代表性之生物種實施監測計畫，設立有管理站及監測站；為了解無機環境與生態系之關係，亦逐年設立森林水文微氣象觀測站；另應自然生態知識推廣之需求，亦於幾個自然保護區內或周邊區域設立教育解說展示館，更於其外圍辦理自然生態教育解說服務，以加強推廣生態保育之知識。
依據世界自然保育聯盟(IUCN)的資料顯示，今日造成物種絕滅最主要的原因有：原始棲地被干擾或破壞占67％、過度獵捕占37％及外來種的引入威脅到原生種的生存約19％（其總合超過百分之百，是因為有時原因是重複的）等。由以上資料可知：保護生物的最佳途徑，應以保護棲地為主，即劃設各類保護區並加強經營管理，使物種得在自然的狀況下生存、繁衍。
我國自然保育工作在既定政策及法令下，除繼續加強推動外，並將適應國際保育趨勢，更積極地全力推動瀕臨絕種野生動植物之棲地及地景保育，加強國人教育宣導，提昇保育觀念；同時亦將積極參與各項國際保育活動，建立國際聯繫管道，以善盡國際社會一分子之責任。
目前各類自然保護區均依相關法令公告設置，由於我國制定有關保護區的法令相對於國際自然保育聯盟(IUCN)現行「保護區分類系統」之制定為早，如民國63年即依據「台灣森林經營管理方案」劃設第一個「出雲山自然保護區」；民國71年公告文化資產保存法後，陸續公告指定20處自然保留區；78年公告野生動物保育法後，迄今亦已公告17處野生動物保護區及34處野生動物重要棲息環境；而IUCN的標準係83年(1994年)方制定，且現有各類保護區已涵括IUCN區分之六大類保護區，故尚無劃設保護區類型不足之虞。對照國際自然保育聯盟（IUCN）對於保護區所作之分類及定義，我國依文化資產保存法所公告的自然保留區，即已包括IUCN定義之第I類（Ia嚴格的自然保護區及Ib原野地，如大武山自然保留區），第Ⅳ類（自然紀念區，如九九峰自然保留區），第Ⅴ類（地景／海景保護區，如三義火炎山、烏石鼻自然保留區）等三類，依國家公園法劃設之8座國家公園屬第Ⅱ類，與IUCN分類標準ㄧ致，依野生動物保育法公告之野生動物保護區暨重要棲息環境，符合第Ⅳ類棲地／物種管理區之定義，其中部分野生動物保護區劃設永續利用區，符合第Ⅵ類資源管理保護區之定義。
目前評估自然保護區域經營管理成效，主要透過委託專家學者進行專案檢討評估、召集管理機關定期檢討、由專家學者、野生動物保育咨詢委員及自然文化景觀審議小組暨技術組委員等赴各保護區現勘評估，以及主管機關平時之督導考核等四種方式辦理，未來亦將逐步依據以往建立之基本資料，積極建立各項管理績效評估指標，作為保護區長期經營策略修正之依據。
在保護區的長期監測方面，除於年度計畫中委請學者專家逐步建立基礎資料外，逐步訓練現場工作人員相關調查監測技術，同屬重要。建立完善監測系統，並依監測成果調整保護區經營管理方向與技術，方能提升保護區保育野生動植物與棲地之效能。因此，加強保護區基礎資料建立與監測，亦為未來工作之重點。
